Traditionella metoder har identifierat bakterier genom deras beteende, form och de näringsresurser de använder för tillväxt.En förutsättning för dessa analyser är att man i laboratoriet kan odla bakterierna. Men inte alla bakterier kan odlas.
För att ändå söka identifiera icke odlingsbara bakterier och för att säkrare kunna identifiera okända bakterier har amerikanska forskare utvecklat en metod som bygger på bakteriernas genetiska material eller DNA.
Analyser av bakterieDNA ger sk. fylogenetisk information om bakteriernas "släktförhållanden". Metoden bygger på den genetiska sekvensen av en gen, 16S Ribosomal RNA genen. 16S Ribosomal RNA-gen innehåller både evolutionärt konserverade DNA sekvenser och mycket variabla (föränderliga) DNA sekvenser. Genom att analysera de konserverade sekvenserna får forskarna närmare information om bakterien. De variabla sekvenserna ger sedan information om bakteriens art och dess evolutionära förhållande till andra bakteriearter.
Utgångsmaterial för metoden kan vara direktprov från saliv eller från dentala plaque."Upp till hälften av de mikroorganismer som finns i munhålan kan inte odlas upp och vi vet ingenting om dem", skriver Bruce Paster, en av forskarna vid Forsyth Dental Center och Harvard School of Dental Medicine.
Men detta tänker forskarna ändra på. Man har konstruerat ett slags schachbräde som genom bakteriernas 16S DNA kan identifiera ett stort antal bakterier som finns på ytan av tänder och tandkött. Med tekniken kan man bl.a. identifiera streptokocker som finns i musnhålan och som misstänks orsaka rotkaries.
En vidareutvecklling av metoden publiceras i Mars numret av tidskriften Methods in Cell Science. Den är snabbare, mer effektiv och har större kapacitet än föregående metoder.
Man har just påbörjat en stor analys av mer än 20 000 prov som erhållits från dentala plaque hos patienter med rotkaries.Genom att screena ett stort antal prov hoppas man kunna identifiera de sjukdomsframkallande bakterierna.Andra analyser fokuserar på periodontal sjukdom. Forskarna vet fortfarande inte vilka bakterier som orsakar refraktär periodontit - en svårbehandlad form av periodontal sjukdom.
©1998-03-16 Zvi Wirschubsky
ref: http://www.nymedicin.com/news/1998/03/16/DNAmetod_identifierar_okanda_bakterier.html
